Vấn đề khó nhất cho vườn trên mái là hệ thống thoát nước. Vườn được xây dựng trên nền sân thượng nên vườn sử dụng cùng với hệ thống thoát nước của sân thượng.

Người ta có nhiều cách để xây dựng hệ thống thóat nước cho vườn trên mái theo cách xây dựng vườn rỗng chân. Với quy tắc không đổ đất trực tiếp lên nền sân thượng cũ mà người ta sử dụng:
- Sử dụng balet nhựa
- Dùng đan bê tông
- Dùng đá 1x2 kết hợp với vải địa.
Theo sơ đồ trên

Từ lớp màu hồng (lớp thứ 4) trở xuống là vần đế chống thấm trên sân thượng đã được xây dựng trước nếu bạn chưa thực sự tin tưởng vào hệ thống chống thấm của sân thượng thì có thể lát thêm 1 lớp gạch men đảm bảo cho sự lưu thông nước. Thôi em chỉ xin trình bày từ lớp màu đen (thứ 5 từ dưới lên):
- Draingage and retention: lớp này có tác dụng thoát nước cho vườn. có thể sử dụng những balet nhựa có lỗ thoát nước, đá nhỏ, hoặc kính tế nhất là những tấm đan có lỗ thoát nước tùy theo điều kiện kinh tế của gia chủ.
- Dùng đan bê tông có miếng đôn: loại này thì có sức bền theo công trình của gia chủ.
- Phương pháp dùng balet nhựa hoặc đá 1x2 kết hợp với vải địa thì chi phí rẻ hơn nhưng cũng kéo theo việc sức bền kém hơn (chừng 10-15 năm).
- Filtration: có thể sử dụng vải địa để ngăn không cho lớp đất ở trên lọt xuống mà đảm bảo nước vẫn lưu thông.
- Growing Medium: lớp đất trồng cây
- Và lớp trên cùng là cỏ cây cho khu vườn.
- Tuy nhiên việc tính toán loại cây sử dụng, chiều cao phù hợp với không gian.